Pour l’écosystème français des start-up, la présentation du projet de loi de Finances pour 2025 a été une mauvaise surprise. Examiné à partir de mercredi 16 octobre par la commission des finances de l’Assemblée nationale, celui-ci amputela French Tech de deux soutiens à l'innovation importants.
«Toucher à ces dispositifs est contradictoire avec la politique de réindustrialisation menée depuis plusieurs années. Cela risque d’être un coup de frein à cette dynamique qui est observable, mais reste fragile», déplore auprès de L’Usine Nouvelle Jean-Philippe Thierry, le vice-président de Start Industrie, une organisation représentative des start-up industrielles créée sous l’impulsion de France Industrie.
«Les start-up industrielles sont reconnues comme des fers de lance de la décarbonation et du retour des emplois industriels, mais on ne les prend quand même pas au sérieux à travers ces mesures», s’agace de son côté Alphadio Olory-Togbe, le président du Collectif start-up industrielles, et par ailleurs cofondateur d'une jeune pousse spécialisée dans la blanchisserie, Impekkable.
Un statut de JEI "vidé de sa substance"
Les foudres des représentants de start-up visent en particulier la suppression de l’exonération de cotisations patronales liées au statut de jeune entreprise innovante (JEI) et le non-renouvellement du crédit d’impôt innovation (CII) qui doit s’éteindre au 31 décembre 2024. Pour les start-up industrielles et de la deeptech, le coup de rabot sur le statut de JEI est toutefois la mesure la plus pénalisante. En vertu de ce statut, de nombreuses start-up de moins de huit ans avec des dépenses intensives en R&D bénéficient d’une exonération de cotisations sociales patronales sur les rémunérations versées à leurs salariés actifs dans l’innovation.

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Décembre 2025
Indice mensuel du coût horaire du travail révisé - Salaires et charges - Tous salariés - Industrie manufacturière (NAF rév. 2 section C)base 100 en décembre 2008
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2024
Smic brut mensuel - moyenne annuelleen €/mois
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7 Avril 2026
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Le projet de loi de financement de la sécurité sociale (PLFSS) pour 2025 prévoit de limiter cet avantage aux start-up dirigées par des étudiants ou des jeunes diplômés. De quoi «vider de sa substance le statut de JEI dont l’intérêt devient mineur», selon Jean-Philippe Thierry. Les jeunes entreprises de croissance, une nouvelle catégorie de JEI entrée en vigueur cette année, seront soumises au même traitement.
Plus de 4000 entreprises bénéficient du statut JEI
Selon l’association de start-up et de fonds d’investissement France Digitale, environ 4900 entreprises bénéficient du statut de JEI. L’étude d’impact du PLFSS évalue le coût de leurs exonérations de cotisations sociales à 270 millions d’euros en 2023 et évoque «une charge croissante sur le budget de l’État». De fait, le coût des exonérations a doublé depuis 2014 et pourrait atteindre 300 millions d’euros en 2026.
Les représentants des start-up craignent que la suppression de cette exonération plombe un peu plus la trésorerie des jeunes pousses dans un contexte où les levées de fonds calent. «Une exonération de charges correspond à du cash disponible dans l’immédiat. Cela permet de bénéficier de ressources nécessaires pour notre activité, souligne Alphadio Olory-Togbe. Le gouvernement est en train de parier exagérément sur la résilience des start-up industrielles qui vont se trouver encore plus rapidement à court de liquidités». «Les start-up commencent à préparer leur budget 2025 et elles cherchent déjà des rallonges pour prolonger leur durée de vie. À partir du 1er janvier 2025, leurs salariés dans l’innovation leur coûteront plus cher. Des start-up qui envisageaient de lever des fonds dans six mois pourraient ne plus avoir que trois mois devant elles, c’est assez brutal », commente Marianne Tordeux-Bitker, directrice des affaires publiques chez France Digitale.
«L’impact sur l’emploi va être immédiat»
Le crédit d’impôt innovation, qui permet aux PME de déduire de leur impôt sur les sociétés 30% des dépenses liées à la conception de prototypes, est davantage utilisé dans le secteur des services, soulignait la Cour des comptes en 2021 dans un rapport sur les aides publiques à l'innovation. Dans les jours qui ont suivi la présentation du projet de loi de Finances, l’association France Deeptech a sondé ses adhérents. «Les start-up deeptech répondantes ont 39 salariés en moyenne. 90% d’entre elles recourent au JEI et un peu plus de 30% au CII», indique Romain Roullois, le directeur général de France Deeptech, confirmant ainsi le caractère plus secondaire du CII par rapport au JEI.
Les alertes en provenance de l’écosystème portent aussi sur l’emploi dans les start-up. «Elles pourraient revoir leur budget RH à la baisse sur les emplois tech avec un possible effet boule de neige sur des postes de fonctions support qui ne seront pas créés», considère Marianne Tordeux-Bitker. «Des entreprises nous disent qu’elles vont geler les recrutements. L’impact sur l’emploi va être immédiat même s’il est difficile de dire dans quelles proportions», abonde Jean-Philippe Thierry. L’étude d’impact du PLFSS mentionne elle une contribution «limitée» du statut JEI en matière de soutien à l’emploi. En cas de suppression de celui-ci, la réduction d’effectifs serait de 23% par start-up en moyenne, selon le sondage de France Deeptech. Elle ne serait que de 7% en moyenne avec la disparition du CII. «S’ajoute un nombre important de start-up qui disent avoir gelé ou annulé des embauches après les annonces», précise Romain Roullois.
La bataille parlementaire s'ouvre
Face à cette levée de boucliers, le gouvernement a semblé ouvrir la porte à des modifications par la voix de sa secrétaire d’État à l’Intelligence artificielle et au Numérique, Clara Chappaz. Dans un entretien accordé à La Tribune, elle a indiqué que le gouvernement « souhait[ait] conserver» le dispositif JEI. «Sa suppression n'est pas inscrite dans le marbre, mais dans un document qui n'est à ce stade qu'un projet de budget, que nous avons monté en un temps très court, a-t-elle ajouté. Charge désormais aux parlementaires de construire des solutions alternatives pour le conserver.» Mais pour cela, «il faudra proposer d’autres économies, peut-être sur des dispositifs moins impactants pour l’écosystème», a précisé l’ex-directrice de la French Tech.
Chez le Collectif start-up industrielles, Alphadio Olory-Togbe se dit plutôt ouvert à un coup de rabot du crédit d’impôt recherche, qui bénéficie largement aux grandes entreprises, à condition d’obtenir, a minima, le maintien du CII. «Seul le CII est supprimé alors qu’il concerne les PME et les start-up industrielles», déplore-t-il. Cette solution n’est toutefois pas soutenue par Start Industrie qui défend le maintien des trois dispositifs, crédit d’impôt recherche, CII et JEI.
De son côté, pour maintenir ces deux derniers dispositifs, France Digitale a proposé environ un milliard d’euros d’économies par ailleurs. Elle entend par exemple exclure les dépenses de veille technologique de l'assiette éligible au crédit d’impôt recherche, supprimer le taux de 5% de crédit d’impôt recherche pour les dépenses éligibles au-delà de 100 millions d’euros ou encore amoindrir la fiscalité favorable sur les brevets. Plusieurs amendements ont été déposés en ce sens par des députés de tous bords.



