Tandis que la circulation du SARS-CoV-2 et que l’épidémie freinent globalement en France, la prolifération de variants inquiète. Depuis le début de l’année, la traque des variants se trouve au cœur de la stratégie française de détection du virus, de traçage et d’isolement des personnes infectées. Fondé à Nantes en 1987 mais avec un siège social établi aujourd’hui au Luxembourg, Eurofins, un des géants mondiaux des services analytiques et du diagnostic (55 000 employés, 5,4 milliards d’euros de chiffre d’affaires en 2020), a été le "premier à fournir un test de criblage dès janvier, et depuis nous avons fait plus de 150 000 séquençages pour divers pays européens, à comparer avec un séquençage de 3000 à 5000 échantillons par semaine en France", assure Gabriel Julia, vice-président senior Diagnostic clinique d’Eurofins.
Delta au cœur du cyclone
La lutte contre les variants se cristallise actuellement autour du Delta, apparu en Inde. Il est au cœur du cyclone dans le monde et aussi en France, avec des foyers en particulier dans les Landes et le Gers. Selon le dernier point de Santé Publique France, le 25 juin dernier, la proportion du variant Delta dans les tests positifs criblés avait bondi de 0,8% à 7% entre les deux dernières enquêtes du 25 mai et du 8 juin. Cette forte progression est d’autant plus menaçante "compte tenu de sa transmissibilité accrue par rapport aux souches virales de référence", comme le variant britannique (Alpha), "d’une possible augmentation de la sévérité de l’infection" voire même "d’une efficacité vaccinale légèrement diminuée, surtout lors d’un schéma vaccinal incomplet", s’inquiète Santé Publique France.
Les mutations dans le collimateur
Pour mieux contrer les variants, la Direction générale de la Santé (DGS) a réorienté les cibles du criblage et du séquençage, ces étapes ultérieures de recherche sur des prélèvements PCR positifs pour déterminer génétiquement la souche virale concernée. Plus question de traquer le variant britannique, devenu majoritaire en France, mais ceux circulant de manière plus silencieuse et présentant un profil plus inquiétant en matière de transmission et de dangerosité. Dès la fin mai la DGS a annoncé que le travail de criblage et de séquençage ne devrait plus se concentrer sur les variants mais sur les mutations. Sur trois mutations en l’occurrence : E484K, qu’on trouve en particulier sur les variants Beta (sud-africain) et Gamma (brésilien), et E484Q et L452R, qu’on trouve dans le Delta. Une décision logique pour Gabriel Julia : "une fois qu’il y a multiplication des variants, ce qui compte ce sont les mutations présentes. Ce sont elles qui ont un effet fonctionnel d’échappement immunitaire et de réponse vaccinale, le variant est une collection de mutation".
Des milliers de lignage du virus
Or la guerre contre les variants est une course contre la montre, sachant que plus le virus circule, plus les mutations s’accroissent, car le virus, en se répliquant dans les cellules des personnes infectées, commet régulièrement des erreurs en recopiant son génome, comme l’expliquait très bien en début d’année à l’Usine Nouvelle Yves Gaudin virologue, directeur de recherche au CNRS. Avec le risque d’aboutir à des souches plus graves que l’originale. L’Inserm estime, sur son site internet, que "depuis le début de la pandémie, le SARS-CoV-2 a déjà muté de nombreuses fois" et qu’il existe désormais des "milliers de lignages du virus". Si beaucoup de mutations sont neutres ou, mieux, affaiblissent le virus lui-même, certaines peuvent prendre un ascendant. Des variants peuvent alors être définis comme préoccupants, comme le sont les Alpha, Beta, Gamma et Delta, ou d’intérêts, c’est-à-dire inquiétants et sous surveillance étroite. Au 15 juin, selon le dernier pointage, l’Organisation mondiale de la Santé recensait sept variants d’intérêt, comme l’Epsilon ou le Iota apparus aux Etats-Unis en mars, le Kappa en Inde ou encore le dernier identifié: le Lambda au Pérou le 14 juin.
La nécessité d’échantillons cliniques de virus
L’évolution continue des variants et des mutations pose, en continu, un problème de détection. Les différents tests virologiques permettent de rapidement savoir si une personne est positive à l’infection. Mais très peu de tests PCR permettent de qualifier dès cette première phase l’identité précise du virus présent. D’abord car la sensibilité d’un test est cruciale et que plus les paramètres requis sont nombreux, plus la sensibilité est moindre, avec le risque d’informations diagnostiques erronées. Ensuite car il faut que les tests soient bien programmés, avec les bons réactifs pour bien cibler ce qu'ils sont tenus de détecter. Cet impératif de ciblage est aussi central pour les kits de test de criblage et de séquençage, utilisés en deuxième ligne après un test virologique positif. Eux aussi ont besoin d’un ciblage précis, ce qui est problématique avec les mutations en perpétuelle évolution. "D’un point de vue technique, ce n’est pas très compliqué d’adapter un test. Les oligonucléotides, qui sont de courtes séquences monobrin d’ADN ou ARN qui vont se fixer spécifiquement sur la mutation recherchée, sont la clé pour chercher les nouvelles cibles or nous les fabriquons en interne, donc nous pouvons mettre au point très vite le kit", explique Gabriel Julia. Soulignant toutefois que "le plus complexe c’est d’avoir à disposition des échantillons cliniques validés pour bien cibler les mutations. Pour le variant Delta Plus, au moment où nous nous parlons (le 22 juin, ndlr) il n’y a qu’une vingtaine d’échantillons cliniques en Inde. Or il faut vérifier en clinique que la détection se fasse bien". Grâce à une présence directe dans plus de 50 pays, Eurofins se facilite ainsi l’accès aux échantillons cliniques quand apparaît un variant ou une mutation d’intérêt quelque part dans le monde.
Des changements de tests toutes les 6 semaines
Pour les producteurs de tests de criblage et de séquençage, le défi permanent est de constamment devoir modifier ses kits. Ce qui demande d’abord de rapidement concevoir un produit. Contrairement à un test diagnostic, qui nécessite l’obtention d’un marquage CE avant d’entrer sur le marché, les kits de criblage et de séquençage n’ont besoin que d’une qualification "Utilisation de recherche seulement", laquelle offre une mise sur le marché bien plus rapide. Gabriel Julia indique ainsi qu’aujourd’hui "il faut environ 3 à 4 semaines pour mettre au point un kit, pour son design, pour le construire et obtenir une validation clinique". Ensuite, il faut savoir moduler rapidement sa production. "C’est impossible de produire en flux tendu, il faut le faire de façon modérée en ayant un horizon de production de quelques semaines. Entre mi-février et mi-juin, en quatre mois, nous avons eu déjà quatre générations de recherche", illustre Gabriel Julia. "Cela représente des cycles de six semaines de tests. Ça peut ralentir, mais nous tablons encore sur des changements de tests de criblage et séquençage toutes les six semaines".
