Dans le hall des livraisons, la pièce réfrigérée est quasiment vide. Presque tous les prélèvements Covid-19 de la nuit ont rejoint le circuit d’analyse. Sur le site d’Eurofins Biomnis, un des plus grands laboratoires de biologie médicale en France, à Ivry-sur-Seine (Val-de-Marne), environ 30 000 prélèvements de tests arrivent chaque jour, 24h sur 24, mais surtout dans la nuit. Et 7 jours sur 7, comme les plages de travail des équipes affectées au plateau Covid, mis en place depuis le printemps.
1 000 mètres carrés, 170 recrutements
Eurofins Biomnis a poussé les murs de son site pour s’organiser face à la montée en puissance des tests. "On s’est serré. Nous avons libéré 1 000 mètres carrés d’espace sur 12 500 mètres carrés", décrit Sébastien Gibault, le directeur général d’Eurofins Biomnis. En parallèle, les effectifs ont bondi, avec 170 recrutements depuis mars en plus des 220 collaborateurs du site. Au total, l’entité biologie médicale du groupe Eurofins dénombre 500 salariés en France avec ses deux autres sites à Paris et à Lyon (Rhône).
Biologie moléculaire
Eurofins Biomnis est capable d’intervenir sur 3 500 types de tests diagnostiques, toutes pathologies confondues, et plus de 8 000 tests génétiques. Pour le Covid-19, le laboratoire a limité son champ d’action aux analyses sérologiques, activité de dépistage des anticorps qui est aujourd’hui en suspens face à la reprise épidémique, et aux tests RT-PCR. Soit les tests de diagnostic en biologie moléculaire qui permettent, à partir de prélèvements nasopharyngés ou oropharyngés, d’extraire l’ARN du virus SARS-CoV-2, et de l’amplifier, s’il est présent, afin de bien caractériser un cas positif.
Guittet Pascal (Traitement et enregistrement de chaque prélèvement Covid-19. Photo Pascal Guittet)
Protéger les personnels des particules virales
Après réception sur le site, les prélèvements, toujours emballés dans des pochettes plastiques protectrices, passent tous par une séance d’une heure et demie dans une étuve, à 60 degrés. L’objectif est d’éliminer toute particule virale qui pourrait être présente sur le bon de commande papier du test, et sur le tube renfermant l’extrémité de l’écouvillon et le prélèvement dans son milieu de transport, généralement liquide. Cette manipulation est avant tout destinée à protéger les personnels du site traitant les prélèvements.
Chaque sachet est ensuite traité manuellement, avec enregistrement numérique et étiquetage. Les tubes partent ensuite, en rack, dans la zone de laboratoire P2, dédiée aux prélèvements infectieux. Sous hotte à flux laminaires, les techniciens s’affairent d’emblée à l’ouverture de chaque tube, au retrait de l’écouvillon, au changement de tube si ce dernier n’est pas adapté à la suite du processus, puis positionnent chaque tube dans un nouveau rack. Ces racks passent ensuite dans une machine de pipetage, où des portions de chaque prélèvement sont transférées dans une plaque à puits profonds, en vue de l’extraction de l’ARN.
Guittet Pascal (Les techniciens retirent à l'aide d'une pince à usage unique chaque écouvillon de chaque tube. Photo: Pascal Guittet)
Capacités en vue pour 50 000 prélèvements par jour
Les plaques sont ensuite insérées dans la machine d’extraction. A l’intérieur, un plateau rotatif accueille plusieurs plaques. Dans chaque puits, un réactif chimique est mélangé avec les prélèvements, puis, via des étapes de chauffage et des procédés employant des microbilles magnétiques, est extrait l’ARN. Une nouvelle plaque entièrement similaire, dûment étiquetée et scellée pour éviter toute contamination entre chaque puits, est emplie avec les extraits d’ARN de chaque prélèvement initial. Dans cette zone déjà chargée, des emplacements sont en cours d’aménagement pour "recevoir de nouvelles machines. Nous voulons pouvoir être en mesure de traiter 50 000 prélèvements par jour, de disposer d’équipements de secours en cas de défaillances d’automates, et de pouvoir exceptionnellement dépasser les 50 000 tests par jour en cas d’un pic de demande", prévoit Sébastien Gibault.
Guittet Pascal (Préparation des prélèvements pour le pipetage en automate avant l'étape d'extraction. Photo: Pascal Guittet)
Pipetage et microplaques
Les plaques, qui contiennent chacune 96 puits dont 93 de prélèvements et 3 puits témoins, sont alors transférées au laboratoire PCR. Lequel comprend trois salles distinctes sous atmosphère contrôlée. Une nouvelle étape de pipetage transvase les extraits dans des microplaques, avec l’ajout d’un nouveau réactif, lesquelles sont enfin placées dans une dernière machine. Cette ultime phase permet d’amplifier l’ARN, via différentes températures, durant 70 minutes jusqu’à deux heures, selon les réactifs employés. Les machines délivrent alors des résultats bruts, relevant les cas négatifs et ceux positifs.
"Nous ne nous arrêtons pas là. Chaque résultat est ensuite analysé en laboratoire de biologie moléculaire par des biologistes. C’est après cette dernière étape que les diagnostics sont validés définitivement puis transmis aux laboratoires d’où viennent les prélèvements", précise Sébastien Gibault.
Guittet Pascal (Opération de pipetage dans les tubes contenant les prélèvements. Photo: Pascal Guittet)
Impact du Covid sur l’ensemble de la santé publique
Au total, le cycle complet de traitement et d’analyse d’un prélèvement Covid-19 une fois arrivé sur le site s’étend autour de 24 heures. Sébastien Gibault indique que le "takt time - la durée idéale si toute la chaîne ne concernait qu’un seul prélèvement - s’élève aujourd’hui à 4 heures pour passer toutes les étapes. Mais nous visons 3 heures".
Le site francilien d’Eurofins Biomnis vit aussi au gré des confinements. Lors du premier, Sébastien Gibault a constaté un "fort ralentissement des activités pour les analyses d’autres types de prélèvements, notamment en oncologie, en raison de la baisse des consultations hors Covid. Et là nous ressentons déjà grandement une baisse liée à ce deuxième confinement, même si l’activité est aussi chargée avec la traditionnelle épidémie de dengue, en Outre-Mer, où les prélèvements nécessitent aussi des analyses RT-PCR". Le directeur général regrette ainsi que dans cette course contre le Covid-19, il y a aussi un "impact certain sur l’ensemble de la santé publique".
