L'Usine Nouvelle. - Qu'est-ce qu'un variant ?
Yves Gaudin. - Quand ils se répliquent dans une cellule, les virus à ARN commettent souvent des erreurs en recopiant leur génome, en moyenne une par génome copié. Une fois entré dans la cellule, le virus va produire de nouveaux virus, de quelques centaines à quelques milliers. Quasiment tous ces nouveaux virus sont différents les uns des autres. Ils se distinguent par des mutations.
Certaines d’entre elles sont neutres, sans aucun impact, sans avantage sélectif et ne vont pas se répandre. D’autres sont délétères : les génomes des nouveaux virus avec ces mutations se répliquent moins bien voire ne sont pas viables, et ces mutations sont éliminées. De temps en temps, certains mutants se répliquent mieux que le virus parental chez l’homme ; les mutations associées améliorent l’adaptation du virus à son hôte, en augmentant par exemple sa transmissibilité. On peut donc voir apparaître brutalement certaines mutations qui prennent le dessus sur le virus original. Une ou plusieurs mutations peuvent alors envahir une population pour donner naissance à un virus un peu différent. C’est là qu’on parle de variant.
Cela peut-il aller plus loin ?
A un moment, les génomes des virus mutants divergent tellement du génome original qu’on ne parlera plus de variant mais de nouvelle souche. Les souches peuvent échapper à la réponse immunitaire provoquée par les premiers virus ou par un vaccin.
A quoi sont dues ces mutations ? A l’environnement ?
Non. Un virus mute spontanément. Tout comme notre ADN. Lorsqu’il se réplique, des erreurs sont commises, ce qui peut parfois causer des maladies génétiques ou des cancers, mais la réplication du génome humain est très fiable grâce à des protéines capables de relire l’ADN répliqué et de corriger les erreurs. Ce n’est pas le cas chez les virus, même si les coronavirus ont une petite capacité de correction. On estime qu’il y a une erreur par nouveau génome synthétisé. Cette fréquence de mutation est indépendante de l’environnement du virus. Néanmoins, c’est l’environnement qui va sélectionner les virus les plus aptes à se propager. C’est par ces mécanismes que les virus évoluent et s’adaptent, cela leur permet d’échapper à nos défenses naturelles, à notre immunité ou aux médicaments antiviraux.
Combien y-a-t-il de possibilités de variants pour un virus ? Est-ce infini ?
Non, mais le SARS-CoV 2 avec ses 30 000 nucléotides (et 4 nucléotides possibles à chaque position) pourra générer un très grand nombre de variants. Par la suite, chaque variant va continuer à évoluer. Au départ, le virus n’avait pas besoin d‘évoluer, car la population humaine était immunitairement vierge et il n’y avait aucune barrière. Maintenant, on commence à avoir un certain nombre de personnes qui ont été contaminées et qui ont des anticorps. Elles ne sont plus sensibles au virus qui circule actuellement mais elles pourront être réinfectées par des virus un peu différents. On va donc progressivement sélectionner des variants qui échappent à la réponse immunitaire montée contre le virus actuel.
Quel est votre avis sur les deux variants qui circulent aujourd’hui en France, sur leur dangerosité et sur l’efficacité des vaccins actuels ?
Le variant anglais inquiète car il est déjà installé sur notre territoire. On pense qu’il y a entre 1% et 2% de cas associés à ce virus en France. Heureusement, ce variant se détecte assez facilement, on peut suspecter sa présence même à partir d’un test PCR, sans avoir à séquencer son génome. Il a déjà envahi le Royaume-Uni, mais pas de manière homogène. Il semble se propager plus vite, mais n’a pas l’air plus pathogène, ni d’entraîner plus de cas graves. Mais en étant plus contagieux, il entraîne plus de cas et donc plus d’hospitalisations. C’est cela qui inquiète le plus même s’il reste sensible aux vaccins actuels.
Et le variant sud-africain ?
Actuellement il y a moins de crainte car il n’est pas tellement répandu sur le territoire. Il y a plus de risques du côté de Mayotte ou de la Réunion. Il faut néanmoins rester très vigilant car on suspecte que ce variant soit plus pathogène, y compris chez les plus jeunes. Attention, c’est une suspicion : nous n’en avons pas la preuve encore, il n’y a pas de données suffisantes. Et il y a aussi une suspicion de réponse moins bonne aux vaccins actuels, mais là encore nous manquons de données.
Et sur le variant brésilien ?
Il n’y a pas assez de données. De toute façon, des variants, nous allons en rencontrer plusieurs, on va le voir quand on séquencera massivement. Ce virus est encore dans une phase d’installation, qui sera suivie d’une période de diversification. D’ici deux ou trois ans, on identifiera peut-être des souches différentes. On peut espérer que ces souches seront moins virulentes ou moins pathogènes que le virus qui circule actuellement.
Le virus est-il saisonnier ?
Il y a de grandes évidences pour dire qu’il est saisonnier. En tout cas, la maladie a un caractère saisonnier prononcé. Ce n’est pas juste dû au virus. C’est aussi beaucoup lié à notre façon de vivre. L’été, nous vivons plus dehors et avec les fenêtres ouvertes, nous ne sommes pas les uns sur les autres dans des appartements clos comme en hiver.
En cas de variant ou de souche pour lesquels les vaccins actuels seraient inefficaces, comment faire ? Faudra-t-il tout reprendre à zéro ou juste adapter ?
Non, on ne repartira pas de zéro au niveau technologique, on pourra partir des vaccins actuels. Il faudra définir une souche vaccinale et adapter la formulation, la changer, comme on le fait pour les vaccins grippaux. C’est donc évidemment possible. Mais si on a plusieurs variants ou souches qui circulent, et que toutes sont pathogènes, cela pourrait complexifier les choses. C’est pourquoi, pour limiter l’extension des variants, il faut vacciner le plus vite possible. Malheureusement, le nombre de doses est encore limité. On peut là aussi espérer qu’au bout d’un certain temps - cela peut être deux, trois, cinq ans ou dix ans ou plus -, une version atténuée de ce coronavirus sera parfaitement adaptée à l’homme. Elle ne causera plus qu’un gros rhume, ce qui limitera drastiquement le nombre de décès.
