« On ne s’est pas rendu compte tout de suite de l’importance qu’allaient prendre les variants », admet Yazdan Yazdanpanah. L’agence des Maladies infectieuses émergentes de l'ANRS, dont il est le directeur, copilote en partenariat avec Santé publique France le consortium Emer-Gen. Celui-ci est chargé de suivre l’évolution des variants du SARS-Cov-2 au travers du séquençage génomique des prélèvements d’individus infectés. La méthode est l’une des deux possibles dans la chasse aux variants, avec le criblage des tests PCR, mais la seule qui permette d’identifier ceux restés inconnus jusqu’alors.
Retard au démarrage
Débuté en janvier 2021, le projet s’envole enfin, après un démarrage difficile. Plus de 79 000 séquences ont été traitées depuis sa création au 28 juin 2021, contre 2000 séquençages en tout et pour tout sur l’entièreté de l’année 2020. Une accélération qui va croissante : alors qu’en début d’année, seuls 2 à 3% des échantillons prélevés sur des cas positifs en France avaient pu être analysés, ce chiffre s’est élevé à la fin du mois de juin à 15,5%. « Bien que ce soit vrai que nous avons augmenté la cadence, il ne faut pas oublier que ces pourcentages dépendent totalement de l’ampleur de la vague de contamination, qui est beaucoup moins forte maintenant qu’il y a quelques mois », tempère Bruno Coignard, directeur du département des maladies infectieuses de Santé publique France.
Surveiller, rechercher, comprendre la dangerosité
« Ne vous concentrez pas uniquement sur les chiffres, martèle Yazdan Yazdanpanah, ce qui est important ce n’est pas le nombre de séquences qu’on traite, mais ce qu’on en fait. » En effet, une fois qu’une séquence consensus est obtenue, au terme d’un travail d’amplification et de séquençage de cinq jours dans les laboratoires partenaires du projet, celle-ci va servir à la fois à la surveillance et à la recherche.
Pour Bruno Lima, virologue et membre du Conseil scientifique, ces étapes servent plusieurs intérêts. Non seulement elles permettent d’évaluer la présence des variants sur un territoire, mais elles aident également à comprendre les facteurs de virulence en séquençant les échantillons d’individus souffrant de formes graves, en particulier en ce qui concerne les personnes immunodéprimées. La recherche utilise également ces informations pour alimenter ses modèles épidémiologiques.
Alimenter la base mondiale GISAID
Les séquences sont également envoyées sous forme de métadonnées pour être stockées dans plusieurs bases, dont Gisaid. Initialement créée en 2006 pour regrouper les génomes au moment de la grippe aviaire, cette base regroupe aujourd’hui plus de deux millions de séquences de Sars-Cov-2 venues du monde entier. La France en a soumis plus de 49 000, ce qui la place, en termes de quantité de données partagée, 6e dans le monde et 4e au niveau européen.
« Il n’y avait que le Royaume-Uni et le Danemark qui avaient un dispositif prêt en décembre, au moment de l’arrivée du variant alpha [anglais] », commente Yazdan Yazdanpanah. Le Danemark, parce qu’il était sur le qui-vive après la crise des visons, et le Royaume-Uni parce qu’il avait commencé à investir dans un centre de ce type avant même le début de la pandémie. Toutefois, avec un financement du projet entre 30 et 40 millions d’euros, Bruno Coignard est convaincu que le centre dispose de moyens à la hauteur de leurs ambitions.
